L'ontano nero trova condizioni ottimali nelle basse pianure dell'Europa nordorientale caratterizzate da estati calde, elevata umidità atmosferica e alti livelli della falda freatica. Poiché è la specie arborea che tra tutte meglio sopporta acque stagnanti, occupa soprattutto stazioni costantemente inondate o sommerse, con sufficiente approvvigionamento di basi. In Svizzera, tali stazioni in natura non sono molto frequenti e nell'Altopiano nel passato sono state perlopiù prosciugate.
L'ontano nero raggiunge la sua massima diffusione nell'Altopiano così come nel Ticino. Questa specie arborea delle basse quote prospera nel 60% dei casi al di sotto dei 600 m s.l.m.
Il più delle volte, l'ontano nero colonizza terreni pianeggianti, richiede nutrienti in abbondanza e, come il faggio, è diffuso ugualmente su suoli sia basici che acidi.